В сезонах (и в американских  и в японских) можно выделить несколько основных линий:

№1
1.Generation One (Поколение Первое)
Сезон 1 (1984) (16 серий) (главные противоборствующие силы - Оптимус Прайм (далее - ОП) и Мегатрон)
Сезон 2 (1986) (49 серий) (ОП vs Мегатрон)
The Movie (1986) (полнометражка)
Сезон 3 (1986) (30 серий) (Родомес Прайм vs Гальватрон)
Сезон 4 - Rebirth (1987) (ОП vs Гальватрон, а также Хеадмастеры и Мега Зарак)

2.The Headmasters (1987-1988) (35 серий) (Родомес vs Гальватрон и Мега Зарак (Скоропонок)) - "альтернативное продолжение третьего сезона Г1

3. Super God Masterforce (1988-1989) (42 серии) (Джинрай, против Оверлорда и Devil Z) - сюжет завязан на браслетах, которые якобы связывают громадно-стальную и органическую формы трансформеров. Как-то так.
4. Victory (1989) (Deszaras vs Star Saber) 

5. Zone - продолжение Виктори (только одна серия) - Гештальты ("конструктор") десептиконы против нового командующего автоботов - Dai Atlas.

№2
1. Beast Wars (1996) - вольное продолжение g1. Прошло много-много столетий. Максималы (потомки автоботов) и предаконы (потомки десептиконов) разбиваются на неизвестной планете, где вынуждены принять органические формы.

2 Beast Machines (1999) - Максималы возвращаются на Кибертрон...

№3.
1. Beast Wars II (1998) традиционное аниме по мотивам Битв Зверей, где Автоботы и Десептиконы сражаются в форме зверей и роботов.
Beast Wars II: Lioconvoy Kiki Ippatsu! (Lioconvoy в неминуемой опасности) (40мин)
2. Beast Wars Neo (1999)
Предположительно к сезонам пока даже нет английских субтитров.

№4
1) Car Robots (2000) - не связанный с другими японский сезон. Гигатрон во главе дестронов и Fire Convoy во главе автоботов. Весьма, надо сказать, юморной сериал.
2) Robots in Disguise (2001) - американская переделка Car Robots. Были изменены имена персонажей, саундрек и попытались добавить серьёзности и интриги.

№5
1) Micron Densetsu (Armada) (2002) - Между автоботами и десептиконами идёт война за обладание Миниконами - маленькими трансформерами, которые могут быть использованы как power-up (для усиления, как правило, огневой мощи). Когда конфликт накаляется до предела, в него вмешивается вестник таинственной силы... *

2) Superlink (другое название - Energon) (2004) - Продолжение Армады. Автоботы и Дестроны живут в шатком мире, когда неожиданно на них нападают неизвестные роботы. *
3) Galaxy Force (Cybertron) (2005) - Кибертрон поглощает Великая Чёрная Дыра. Автоботы под командованием Galaxy Convoy'я ищут таинственные артефакты Planet Force, что бы уничтожить Дыру... Но Мастер Мегатрон и Старскрим тоже их ищут.... *

* Американские прокатчики объединили три сериала - Armada, Energon, Cybertron в одну Unicron Trilogy. При этом они привязали GF к остальным двум, жутко исказив диалоги и поудаляв фрагменты, которые совершенно не вписывались в их концепцию. 
Смотреть после оригиналов строго не рекомендуется.

Примечание: из-за вмешательства американских переводчиков как в старое поколение сериалов, так и более новое, местами встречаются несостыковки в персонажах, искаженные имена и прочие ляпы. Впрочем и наши переводчики тоже постарались)

№6
Transformers Animated - Объединил идеи фильма и персонажей G1. Бравая команда ремонтников космических мостов под руководством Оптимуса Прайма при выковыривании очередного космического мусора обнаруживает The Allspark - мощнейший источник энергии. А их обнаруживает флагман десептиконов...